本館位在一號館與女五宿舍之間，包含植物標本館、烤房、日治時期庭園、臺北濕地植物區、蕨園及一棟臺大早期的玻璃溫室。

        植物標本館創立於1929年。成立以來即不斷在臺灣及其鄰近地區—如東南亞、太平洋島嶼等地進行植物調查與採集，為目前研究臺灣與東南亞植物資源的重要機構。本館也經常與國外約150個相關機構互相交流與交換標本，館藏標本十分豐富多樣，數量達二十六萬份以上，除包含植物學上最珍貴的模式標本一千餘份，此外，更具特色的是擁有五十年前採集且具高研究價值的歷史珍藏標本六萬餘份。